Основной сюжет аниме и манги "Elfen Lied":

Завязкой сюжета манги служит прибытие заместителя министра в тайную лабораторию, во время посещения которого проходит подготовка транспортировки опасного мутанта-убийцы по имени Люси. Руководитель исследований Курама изначально оправдывает свои негуманные действия необходимостью спасения человечества и последующего уничтожения всех подопытных мутантов после проведения необходимых исследований учёными.
В начале сериала зритель наблюдает как та самая Люси, прикованная обнажённая девушка с металлическим шлемом на голове, непостижимым образом убивает двух охранников и, при помощи их ключей, покидает покореженную клетку. Освободившись, Люси спокойно идёт по лаборатории и хладнокровно убивает всех встреченных ей на пути людей, то разрывая их тела на части, то метая в них с большой силой предметы, используя для этого свою нематериальную способность — «векторы».
Её не могут задеть пули, отлетающие как будто от невидимой преграды, и она не останавливается ни перед чем, убивая и вооружённую охрану, и случайно попавшуюся перед ней помощницу директора лаборатории Курамы на его глазах. В сериале Кисараги умирает сразу, в манге же Люси берет её в заложники, но самоотверженная Кисараги требует убить и её, и Люси. Уничтожив охрану, Люси почти выбралась из лаборатории, находящейся на небольшом острове среди моря. Но в Люси неточно стреляет снайпер из противотанковой винтовки, и вместо затылка он попадает в висок Люси, сбивает с нее шлем но она не умирает.
Позже на пляже, встретившиеся после многолетней разлуки, молодые двоюродные брат и сестра, Кота и Юка, замечают выходящую из воды обнажённую девушку с длинными розовыми волосами и «рожками» на голове, говорящую непонятное «Ню-ю». Она ранена и беззащитна, поэтому Кота и Юка дают ей одежду и оставляют её жить у себя в старой гостинице, в которую поселился Кота. Они дают ей имя Ню, так как это единственное слово, которое произносит незнакомка.